Особую группу концептуального каркаса Эниологии составляют так называемые ХОЛИСТИЧЕСКИЕ ПОДХОДЫ, которые демонстрируют использование идей фолософии холизма применительно к проблемам Эниологии. Холизм — это философия, которая полагает существование "целого" основной чертой мира. Она рассматривает все объекты как целостности, которые являются чем-то большим, чем простой суммой своих частей и связями между ними. Части не имеют полной онтологической реальности, рассматриваемые вне контекста целого. Целое и части взаимно влияют друг на друга и изменяют друг друга. Целое имеет ряд качеств, несводимых к качествам частей, и эти качества выступают как активный фактор, имеющий собственную энергию, силу для воздействия на части и внешний мир. Философия холизма находит свое более конкретное выражение в рассматриваемых ниже концепции психофизического холизма, иконотерапии, модели субстратно-смысловой динамики, в астрологическом подходе, физической модели астрологический знаний, концепций "пустоты" и "Ноев Ковчег".

КОНЦЕПЦИЯ ПСИХОФИЗИЧЕСКОГО ХОЛИЗМА, разрабротанная членом Президиума Ассоциации прикладной Эниологии, психотерапевтом, заместителем председателя Отделения "Трансперсональная психология" МАЭН В.Н. Щепиловым, полагает, что эниофеномены — это проявление свойств систем, описываемых общей волновой функцией. Она исходит из известного в квантового физике факта, что если две или более подсистем как система находятся в чистом состоянии (описываются общей волновой функцией), то каждая из подсистем, рассматриваемая вне целого, уже не может быть в чистом состоянии и описывается матрицей плотности. При раздельном рассмотрении подсистем наличие вхождения их в большую целостность проявляется как нелокальная связь между подсистемами.