Предлагаемые отечественными исследователями концепции и модели Эниологии базируются на новейших научных положениях, руководящих идеях и принципах.

В качестве ее философско—методологических основ выступают: современная теория отражения, диалектическая теория познания, концепция интеграции наук, диалектика категорий случайного и необходимого, целого и части, структуры и функции, принципы атрибутивности информации.

Физико-математическую основу новой зарождающейся науки об энергоинформационном обмене в природе и обществе составляют фундаментальные положения математики и особенно неклассической физики, нелокальные эффекты и новые причинно-следственные отношения в квантовой теории, неунитарная квантовая механика, теория самоорганизации, иерархии внутренних времен И. Пригожина, нелокальность связей между системами, влияние будущего на прошлое, обобщенная теория упорядоченности и хаоса. Широко используются также положения теории катастроф и теории бифуркаций, единой теории поля, теорий электромагнетизма и гравитации, неравновесной термодинамики, синергетики Г. Хакена, квантовых представлений о пространстве и времени.

Разработанные в России концепции и модели являются также результатом синтеза и развития положений кибернетики, информатики: теории иерархических и развивающихся систем, принципов гироматного управления, теории семантической информации, системы с запрограммированными противоречиями (диалектической кибернетики) и теории формальных языков.