Эниология, как и любая воспринимаемая нами научная теория, всецело основывается на современной (не марксистско-ленинской, сталинистской) нетрадиционной диалектической методологии, формирующейся на базе мировоззренческого освоения огромного научно-технического потенциала, обобщения новейших достижений естествознания. Важнейшей методологической посылкой здесь выступает системно-кибернетический подход к новым явлениям с учетом интегративных тенденций в мировой науке.